儿科是南安市医院的重点科室，属综合性儿科，技术全面。住院部设置普儿、PICU、NI-CU等病室。科室拥有婴幼儿排痰仪、心电监护仪、泵雾化器、小儿呼吸机、早产儿恒温箱等先进的仪器设备。科室现有主任医师2人，副主任医师4人，主治医师4人，住院医师4人，其中硕士研究生1人，在读研究生2人。在国家、省市级公开刊物发表论文20多篇。近几年，科室荣获南安市政府科学技术奖二等奖、三等奖各一项，出书三本，专利五项。

    新生儿科负责南安市新生儿复苏教程（NRP）的培训推广，是全市新生儿复苏培训基地。新生儿科能完成大量新生儿疾病的诊断、治疗工作，在新生儿病理性黄疸、新生儿溶血病的诊疗方面达到了泉州市内先进水平。PICU科在小儿内科各种危重症，如各种休克、多脏器功能衰竭、急性中毒的诊治以及小儿呼吸系统疾病等的诊断及治疗等方面积累了丰富的经验。小儿内科开展了多项新技术，对于少见、疑难病诊治水平居泉州市内领先地位。