1923年，学校易名为侨英学校。校址设在内益祖宇及周边民房。

    1928年，学校增设体育课程，提倡男女平等，女生也可入学。

    1931年，在有识之士募捐下，乡里在内益祖厝后墩尾草坡上兴建校舍，学校兴建后侨英小学易名为钟英小学。

    1932年，学校师生搬入新校舍上课，要求学校入学学生要统一制服——童子军服。

    1936年，钟英小学因地理风俗原因仍迁回内益祖宇及周边两旁民房上课。

    1946年，钟英小学易名为内益国民学校。

    1951年，内益村与衢门村合并为红旗乡，两村学校合并为公办南安县红旗小学。校址衢门鳌山。合并后，仍借衢门祖宇上课。

    1954年，内益村旅印尼侨亲李斯尺、李福林与衢门村侨亲吕俊诚、吕荣县、陈唾等捐资，在衢门鳌山新址营建新校舍。

    1956年，学校成立南安县红旗小学校董会。内益李金鎗为副会长，李斯尺、李福林、李锦旋为理事。

    1970年—1972年，拆校前红旗小学附设初中班。

    1973年，红旗村、红星村拆校各自办学，红旗村校名仍为红旗小学。校址择为钟山南麓。

    1976年，学校附设初中班附中，招收第一届本校毕业学生进入初一年学习。

    1989年，红旗村教育基金会成立，李景安为会长。会议决定在原校舍操场下兴建学校新教学楼，海内外侨亲纷纷捐款，共收到捐款93.5万元，其中金鎗礼堂由侨亲李贤源昆仲独资捐建。

    1991年11月1日，学校三层新教学楼竣工剪彩。11月7日，师生们搬入新教学楼上课。

    1995年，学校少先队大队部被南安市团市委、教育局、关工委命名为南安市红旗小学李刚大队。乡贤李贤源、李建超各捐50万元创立百万“李贤源李建超”育才基金会，用于红旗小学奖教奖学。

    1997年，学校被泉州市委宣传部、教育委员会、文明办授予泉州市文明学校。

    2000年，李友智独资捐建学校“勤学亭”。12月学校被南安市教育委员会授予南安市达标小学。

    2006年，李友智伉俪独资兴建一座三层教学楼。

    2009年，学校被泉州市教育局授予义务教育标准化学校称号。

    2019年，学校接受福建省义务教育标准化验收高标准通过。

    2023年11月29日，南安市红旗小学举行建校100周年庆典大会。