1973年6月10日，“南安县少年儿童业余体校”篮球重点班（男女队）创办，实行集中食宿，集中训练（二集中）。

    1975年至1978年，在五柱生产队的支持下，征用该村2亩多农地（南一中东南角），师生一起动手参与，义务劳动，先后建成食堂、膳厅、宿舍、教室，少体校终于有了自己的家。

    2002年8月，少体校校址迁至柳城路77号（原柳城中学校址），旧校址由市政府调整给南安一中；增设高中部，学校成为一所附设小学四、五年级的公办完中校。同年12月，因学校升格为完中校，“南安市少年儿童业余体校”校名更改为“福建省南安市体育学校”。

    2006年12月，学校输送的优秀运动员黄少坤获得第十五届亚洲运动会1000米男子双人划艇金牌，是南安历史的亚运会首金。

    2009年，学校被国家体育总局认定为“国家高水平体育后备人才基地”（2009—2012）。

    2012年8月，学校搬迁到美林街道府前大道新校区，毗邻新体育中心、国家篮球训练基地，校园占地约155亩，建筑面积4.25万平方米，教学、训练、生活设备设施齐全先进。

    2013年，学校输送的优秀运动员戴伟斌获得第十二届全国运动会射箭比赛奥林匹克淘汰赛金牌，是南安历史的全运会首金。

    2016年8月，学校输送的优秀运动员陈海威成为南安历史上第一位参加奥运会运动员，并且获得击剑男子花剑团体第五名、男子花剑个人第七名的优异成绩。

    2017年，天津第十三届全国运动会举办，学校有20名输送运动员参加比赛并取得历史性突破成绩，获得7金1银3铜，为福建代表团取得历史最好成绩作出重大贡献。同年12月，学校被国家体育总局授予“全国体育事业突出贡献奖”（集体奖）。

    2018年，学校增设一年级，创办为“十二年一贯制”学校，实行小学到高中十二年一贯制“三集中”办学，由南安市人民政府创办，隶属南安市文体旅局、南安市教育局共同管理。

    2020年12月，学校被福建省教育厅认定为“义务教育管理标准化学校”。

    2021年7月，第32届东京奥运会赛场上，学校输送的优秀运动员李发彬夺得男子61公斤级举重金牌、黄东萍夺得羽毛球混双金牌，是南安、泉州历史上的第一枚和第二枚奥运金牌，实现奥运金牌零的突破，创造了泉州竞技体育历史。同年，第十四届全国运动会举办，学校输送24名运动员参加比赛，获得3金3铜的优异成绩，为福建竞技体育发展再立新功。

    2022年，福建省第十七届运动会举办，学校有294名运动员代表泉州市参加比赛，总计获得74金28银33铜，金牌总数占泉州市三分之一强，为泉州市代表团获得金牌和团体总分双第三名作出了突出贡献。同年12月，学校再次被国家体育总局授予“2021年度全国体育事业突出贡献奖”（集体奖）称号。

    2023年，学校被体育总局青少司认定为“国家重点高水平体育后备人才基地（2021—2024）”；杭州第19届亚洲运动会，学校输送的优秀运动员李发彬夺得男子61公斤级举重金牌，打破亚运会纪录，实现个人运动生涯大满贯（奥运会、世锦赛、世界杯、亚运会、亚锦赛、全运会）；陈海威获得击剑男子花剑个人银牌和男子花剑团体银牌；黄东萍获得羽毛球女子团体银牌和羽毛球混双铜牌。